Michael Scofield的哥哥Lincoln Burrows被陷害谋杀副总统的哥哥而入狱,并即将被处死。Michael Scofield计划通过抢劫银行而进入哥哥的监狱再去实行越狱。在完成纹身后,Scofield去抢劫银行,并配合的被捕、被起诉,直至被送到弟弟所在的芝加哥Fox River监狱。
入狱后Scofield首先认识了和善的狱友Fernando Sucre,在Sucre的介绍下,Scofield认识了狱中的各种在自己的越狱计划中有作用犯人,包括昔日屠宰场的老大John Abruzzi和可以搞到很多生活物品的“C-Note”。
与此同时,在华盛顿的主教试图按照Lincoln的意愿推迟死刑的执行,为了不让阴谋败露,探员Kellerman谋杀了主教,这另Lincoln的律师Veronica Donovan相信自己昔日的恋人Lincoln确系被陷害。
地方长官Frank Tancredi的女儿Sara Tancredi在监狱做狱医,为接触Tancredi,Scofield谎称自己有糖尿病,每天来监狱医务室接受胰岛素注射,同时又找C-Note获取对抗胰岛素的药物。
Scofield利用Abruzzi急于得知某关键证人下落,成功的进入Abruzzi掌控的监狱工厂,得以接触到同在监狱工厂工作的哥哥Lincoln。Michael告诉哥哥自己掌握这个监狱建筑设计,并展示了纹在身上的监狱设计蓝图。